Perbedaan utama antara DNA genom dan isolasi DNA plasmid adalah bahwa isolasi DNA genom menargetkan ekstraksi DNA genom sedangkan isolasi DNA plasmid menargetkan ekstraksi DNA plasmid bakteri.
Isolasi DNA adalah proses kimia yang digunakan untuk mengisolasi DNA dari spesies yang berbeda atau dari sampel yang berbeda. Isolasi DNA penting dalam teknik biologi molekuler hilir, seperti elektroforesis gel , reaksi berantai polimerase , dan teknik sekuensing DNA . Oleh karena itu, isolasi DNA merupakan proses kimia penting dalam studi biologi molekuler. Berdasarkan tujuan penelitian, terkadang perlu dilakukan isolasi DNA genom. Selain itu, beberapa penelitian berfokus pada isolasi DNA plasmid dari bakteri. Isolasi DNA genom adalah proses mengisolasi DNA genom dari sampel prokariotik atau eukariotik. Langkah-langkah isolasi berbeda sesuai dengan jenis sel di mana DNA mengisolasi. Isolasi DNA plasmid adalah proses mengisolasi DNA plasmid dari sel bakteri. Dibandingkan dengan isolasi DNA genom, proses keseluruhannya kompleks dalam isolasi DNA plasmid.
ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Isolasi DNA Genom?
3. Apa itu Isolasi DNA Plasmid?
4. Persamaan Antara DNA Genom dan Isolasi DNA Plasmid
5. Perbandingan Berdampingan – DNA Genomik vs Isolasi DNA Plasmid dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan
Apa itu Isolasi DNA Genom?
Isolasi DNA genom adalah proses mengekstraksi seluruh DNA genom suatu organisme. Proses khusus ini melibatkan tiga peristiwa utama. Mereka adalah, lisis sel atau lisis nuklir, degradasi protein atau proteolisis dan pengendapan DNA genom. Langkah lisis mungkin berbeda sesuai dengan jenis sel. Pada prokariota, karena ada dinding sel peptidoglikan, langkah pertama yang harus dilakukan adalah pemecahan dinding sel. Di sisi lain, pada eukariota, langkah lisis melibatkan pemecahan membran plasma dan membran nuklir untuk mengeluarkan DNA ke luar. Sebaliknya, langkah-langkah khusus sangat penting untuk melisiskan tanaman dan dinding sel jamur.
Gambar 01: Isolasi DNA Genom
Akibatnya, setelah langkah lisis selesai, akhirnya DNA akan datang ke supernatan. Secara bersamaan, degradasi protein juga terjadi dalam larutan karena penambahan proteinase K. Langkah selanjutnya adalah memisahkan DNA genom dan protein yang terdegradasi satu sama lain. Oleh karena itu, protein yang terdegradasi terpisah dengan pengendapan yang memungkinkan DNA genom tetap berada di supernatan. Setelah pengendapan protein, DNA genom dapat diendapkan dan disuspensikan kembali dalam buffer yang sesuai sampai diperlukan untuk percobaan.
DNA genom, yang merupakan DNA linier berisi semua informasi genetik suatu organisme. Dengan kata lain, genom adalah materi hereditas organisme hidup yang bertanggung jawab atas semua aktivitas struktural dan fungsional sel. Ini terdiri dari urutan DNA pengkodean dan non-pengkodean. Saat mengisolasi DNA genom, itu mencakup seluruh genom organisme.
Apa itu Isolasi DNA Plasmid?
Isolasi DNA plasmid adalah proses isolasi DNA yang khusus dan lebih rumit. Plasmid adalah DNA ekstrakromosomal yang ada di sebagian besar sel bakteri. Mereka adalah DNA melingkar yang tidak aktif yang mendukung bakteri untuk bertahan hidup dalam kondisi lingkungan yang keras. DNA plasmid terdiri dari gen resisten khusus yang memberikan keuntungan tambahan bagi bakteri seperti resistensi antibiotik, sifat virulensi dan sifat toksik.
Gambar 02: Isolasi DNA Plasmid
Isolasi DNA plasmid juga melibatkan tiga proses utama; lisis sel, proteinolisis dan presipitasi DNA. Meskipun mekanisme isolasi biokimia mirip dengan isolasi DNA genom, prosesnya lebih kompleks dari itu. Proses lisis sel adalah proses terpenting dalam prosedur ini. Yang terpenting, DNA genom dan DNA plasmid tidak boleh saling bercampur. Oleh karena itu, proses lisis yang lebih ringan dimasukkan ke dalam prosedur isolasi DNA plasmid. Oleh karena itu, pada sebagian besar prosedur isolasi DNA plasmid menggunakan deterjen; natrium dodesil sulfat untuk lisis sel.
Apa Persamaan Antara DNA Genom dan Isolasi DNA Plasmid?
- Isolasi DNA genom dan DNA Plasmid berfokus pada ekstraksi DNA suatu organisme.
- Juga, keduanya mengikuti proses keseluruhan yang sama yang meliputi lisis sel, degradasi protein dan presipitasi DNA.
- Selanjutnya, DNA yang dihasilkan dari kedua proses penting untuk proses hilir.
- Selain itu, kedua proses isolasi mencakup langkah-langkah untuk memurnikan dan menyimpan DNA di bawah kondisi penyimpanan yang ditentukan.
- Selain itu, proteinase K digunakan dalam kedua metode untuk mendegradasi protein.
Apa Perbedaan Antara DNA Genom dan Isolasi DNA Plasmid?
Isolasi DNA genom berfokus pada ekstraksi seluruh DNA genom organisme target sedangkan isolasi DNA plasmid berfokus pada isolasi hanya DNA plasmid dari spesies bakteri tertentu. Oleh karena itu, ini adalah perbedaan utama antara DNA genom dan isolasi DNA plasmid. Selain itu, perbedaan lain antara DNA genom dan isolasi DNA plasmid adalah dalam prosedurnya. Isolasi DNA genomik adalah prosedur yang kurang kompleks dibandingkan dengan isolasi DNA plasmid. Oleh karena itu, ketika mengisolasi DNA plasmid, perlu dilakukan tindakan pencegahan untuk mencegah pencampuran DNA genom dan plasmid satu sama lain.
Infograohic di bawah ini memberikan perincian lebih lanjut tentang perbedaan antara DNA genom dan isolasi DNA plasmid.
Ringkasan – DNA Genom vs Isolasi DNA Plasmid
Isolasi DNA merupakan proses penting dalam teknik biologi molekuler. Ada dua jenis DNA yaitu DNA genom dan DNA plasmid (DNA ekstra kromosom). Berdasarkan kebutuhan tersebut, beberapa prosedur dilakukan untuk mengisolasi DNA genom sedangkan beberapa prosedur hanya fokus mengisolasi DNA plasmid dari bakteri. Oleh karena itu, langkah-langkah yang terlibat dalam kedua proses sedikit berbeda satu sama lain. Namun, proses keseluruhannya sama di kedua isolasi. DNA terisolasi dari kedua proses memiliki kegunaan yang sangat besar dalam proses hilir seperti kloning, elektroforesis gel dan reaksi berantai polimerase. Pada akhir protokol isolasi DNA genom, seluruh DNA genom organisme dapat diisolasi sebagai produk akhir sedangkan pada akhir protokol isolasi DNA plasmid, DNA plasmid dari masing-masing bakteri dapat diisolasi sebagai produk akhir. Oleh karena itu, inilah perbedaan antara DNA genom dan isolasi DNA plasmid.
Referensi:
1. “EKSTRAKSI DNA DARI BAKTERI.” Ekstraksi DNA dari Bakteri. Tersedia disini
Gambar Courtesy:
1. "Ekstraksi DNA" Oleh Joo Nath - Karya sendiri, (CC BY-SA 4.0) melalui Commons Wikimedia
2. "Plasmid miniprep" Oleh Retama - Karya sendiri, (CC BY-SA 4.0) melalui Commons Wikimedia
