Perbedaan Kunci – Halaman SDS vs Halaman Asli
SDS dan halaman asli adalah dua jenis teknik elektroforesis gel poliakrilamida yang digunakan dalam Biologi Molekuler. Perbedaan utama antara SDS Page dan Native Page adalah jenis gel poliakrilamida yang digunakan. Dalam SDS Page digunakan gel denaturasi, oleh karena itu, molekul dipisahkan berdasarkan berat molekulnya. Sebaliknya, di Native Page, gel non-denaturasi digunakan. Oleh karena itu, molekul dipisahkan berdasarkan ukuran, muatan, dan bentuknya.
Polyacrylamide Gel Electrophoresis (Halaman) menggunakan gel yang dibuat dengan mempolimerisasi monomer akrilamida dengan metilen bisakrilamida. Poliakrilamida lebih keras dan lebih stabil terhadap panas daripada agarosa . Gel poliakrilamida memiliki ukuran pori yang lebih kecil yang memungkinkan pemisahan protein secara efisien. Ada dua jenis utama pengaturan Halaman yaitu Halaman SDS dan Halaman Asli. SDS Page atau elektroforesis gel Sodium-Dodecyl Sulfate Polyacrylamide memisahkan protein berdasarkan berat molekulnya. Gel denaturasi digunakan di Halaman SDS. Native Page menggunakan gel non-denaturasi dan memisahkan protein berdasarkan ukuran, muatan, dan bentuknya (konformasi 3D).
ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Halaman SDS
3. Apa itu Halaman Asli
4. Persamaan Antara Halaman SDS dan Halaman Asli
5. Perbandingan Berdampingan – Halaman SDS vs Halaman Asli dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan
Apa itu Halaman SDS?
SDS Page adalah teknik elektroforesis yang paling umum digunakan untuk memisahkan protein berdasarkan berat molekulnya. Gel dibuat dengan menambahkan SDS (Sodium dodecyl sulfate), yang merupakan deterjen. SDS mengubah protein menjadi monomer. SDS adalah deterjen anionik. Oleh karena itu, ia menambahkan muatan negatif bersih ke protein dalam kisaran pH yang luas. Ketika muatan negatif bersih diberikan pada molekul protein, karena variasi muatan, struktur kompleks dipecah. Karena muatan negatif, protein menarik ke arah ujung positif. Jadi molekul dengan berat molekul lebih rendah bergerak lebih cepat pada matriks gel dan dapat diamati dekat dengan anoda, sedangkan protein dengan berat molekul lebih tinggi diamati lebih dekat ke sumur.
Gambar 01: Halaman SDS
Pengikatan SDS ke rantai polipeptida sebanding dengan massa molekul relatifnya. Oleh karena itu, massa molekul juga dapat ditentukan melalui SDS Page. Pewarnaan gel SDS Page dilakukan dengan pewarnaan bromophenol blue. Aplikasi rentang halaman SDS ke tingkat yang lebih besar di mana dapat digunakan untuk memperkirakan massa molekul relatif dan untuk menentukan kelimpahan relatif protein dalam campuran protein. SDS Page juga dapat digunakan untuk mengetahui distribusi protein dalam suatu campuran protein. Halaman SDS juga diterapkan untuk memurnikan dan menilai protein. Ini digunakan sebagai prosedur awal untuk western blotting dan hibridisasi, yang pada gilirannya digunakan untuk pemetaan dan identifikasi protein.
Apa itu Halaman Asli?
Elektroforesis gel Native Polyacrylamide (Native Page) menggunakan gel non-denaturasi. Oleh karena itu, SDS atau zat pendenaturasi lainnya tidak ditambahkan ke matriks gel. Di Native Page, pemisahan protein didasarkan pada muatan dan ukuran protein. Oleh karena itu, mobilitas protein tergantung pada muatan dan ukuran protein.
Muatan protein tergantung pada rantai samping asam amino. Jika rantai samping bermuatan negatif, protein akan menerima muatan negatif keseluruhan dan sebaliknya. Protein mempertahankan konformasi 3D karena pelipatan yang terjadi. Lipatan dihasilkan dari beberapa jenis ikatan pada protein seperti ikatan disulfida, interaksi hidrofobik dan ikatan Hidrogen. Oleh karena itu, jika Page asli dibawa pada pH netral, protein akan dipisahkan sesuai dengan bentuk molekul protein. Oleh karena itu, Native Page dapat digunakan sebagai teknik yang sensitif untuk mendeteksi perubahan muatan atau konformasi protein.
Keuntungan utama dari Page asli adalah bahwa protein yang digunakan untuk analisis Page dapat dipulihkan ke keadaan semula setelah analisis Page, karena protein tidak terganggu selama proses tersebut. Native Page adalah teknik throughput yang relatif tinggi, dan stabilitas protein meningkat.
Gambar 02: Halaman Asli
Setelah gel run selesai, gel Native Page dapat dilihat dengan pewarnaan dengan bromophenol blue atau reagen pewarnaan lain yang sesuai. Aplikasi Native Page mencakup pemisahan protein asam termasuk glikoprotein seperti eritropoietin rekombinan manusia atau identifikasi protein yang ada dalam Bovine Serum Albumin (BSA).
Apa Persamaan Antara Halaman SDS dan Halaman Asli?
- Baik sistem SDS Page dan Native Page menggunakan gel poliakrilamida sebagai matriks gel.
- Keduanya digunakan untuk pemisahan dan identifikasi protein.
- Keduanya menggunakan mobilitas elektroforesis untuk memisahkan senyawa.
- Keduanya dapat dilakukan secara vertikal atau horizontal (kebanyakan dilakukan sebagai pengaturan Halaman vertikal karena panjang larinya lebih banyak).
- Peralatan elektroforesis termasuk tangki gel, sisir, catu daya diperlukan untuk pengoperasian kedua teknik.
- Visualisasi gel dapat dilakukan dengan metode pewarnaan pada kedua teknik tersebut.
Apa Perbedaan Antara Halaman SDS dan Halaman Asli?
Halaman SDS vs Halaman Asli | |
| SDS Page atau Sodium-dodecyl sulfate Page memisahkan protein berdasarkan berat molekulnya, dan menggunakan gel denaturasi. | Native Page menggunakan gel non-denaturasi dan memisahkan protein berdasarkan ukuran, muatan, dan bentuknya (konformasi 3D). |
| Jenis Gel | |
| Gel denaturasi digunakan di halaman SDS. | Gel non-denaturasi digunakan di halaman asli. |
| Kehadiran SDS | |
| SDS hadir sebagai deterjen untuk memberikan muatan negatif pada sampel di halaman SDS. | SDS tidak ada di halaman asli. |
| Dasar Pemisahan | |
| Pemisahan protein tergantung pada berat molekul protein di halaman SDS. | Pemisahan tergantung pada ukuran dan bentuk molekul protein di halaman asli. |
| Stabilitas Protein | |
| Stabilitas protein rendah di halaman SDS. | Stabilitas protein tinggi di halaman asli. |
| Pemulihan Protein Asli | |
| Tidak mungkin karena didenaturasi di halaman SDS. | Mungkin di halaman asli. |
Ringkasan – Halaman SDS vs Halaman Asli
SDS Page dan Native Page adalah dua jenis teknik elektroforesis gel poliakrilamida yang digunakan untuk memisahkan protein. Halaman SDS diperlakukan dengan deterjen yang disebut SDS. SDS memberikan muatan negatif keseluruhan ke protein, yang kemudian menghasilkan denaturasi protein. Oleh karena itu, protein dipisahkan berdasarkan berat molekulnya. Sebaliknya, teknik Native Page tidak menggunakan bahan denaturasi apapun. Jadi protein dipisahkan berdasarkan ukuran atau bentuknya. Inilah perbedaan antara halaman SDS dan halaman asli.
Referensi:
1.“Prinsip dan Metode Elektroforesis Gel Poliakrilamida (SDS-PAGE).” Prinsip dan Metode Elektroforesis Gel Poliakrilamida (SDS-PAGE) | MBL Life Sience -ASIA-. Tersedia disini
2. "Gel Asli." Alliance Protein Laboratories|Layanan Karakterisasi Biofisik. Tersedia disini
Gambar Courtesy:
1.'SDS-PAGE Electrophoresis'Oleh Bensaccount di Wikipedia bahasa Inggris, (CC BY 3.0) melalui Commons Wikimedia
2.'Muat sampel ke dalam sumur elektroforesis gel poliakrilamida' Oleh Blaz Nemec dari Ljubljana, Slovenia (CC BY-SA 2.0) melalui Commons Wikimedia
