Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng nanopore at illumina sequencing ay ang nanopore sequencing ay isang diskarteng sunud-sunod ng pangatlong henerasyon na gumagamit ng isang nanopore upang makita ang pagkakasunud-sunod ng isang molekulang DNA, habang ang illumina sequencing ay isang diskarteng pagsunud-sunod ng pangalawang henerasyon na gumagamit ng baligtad na teknolohiya ng mga terminator ng tina upang matukoy ang pagkakasunud-sunod ng isang molekula ng DNA.
Ang pagkakasunud-sunod ng DNA ay ang pagpapasiya ng isang tumpak na nucleotide o base na pagkakasunud-sunod ng isang molekula ng DNA. Maraming mga mabilis na pamamaraan upang matukoy ang mga pagkakasunud-sunod ng nucleic acid na nagpapabilis sa mga natuklasan sa biological at medikal na pananaliksik. Ang isa sa mga unang diskarte sa pagsunud-sunod ng DNA ( Sanger sequencing ) ay binuo ni Frederick Sanger noong 1975 sa pamamagitan ng pag-aampon ng diskarte sa primer extension sa MRC Center, Cambridge, UK. Ngayon, ang karamihan ng mabilis na mga diskarte sa pagsunud-sunod ng DNA ay nabibilang sa ikalawang henerasyon (susunod na henerasyon) at pangatlong henerasyon na mga kategorya ng pagsunud-sunod ng DNA. Ang nanopore at illumina sequencing ay dalawang tulad ng mga bagong teknolohiya ng DNA.
NILALAMAN
1. Pangkalahatang-ideya at Pangunahing Pagkakaiba
2. Ano ang Nanopore Sequencing
3. Ano ang Illumina Sequencing
4. Mga Pagkakatulad - Nanopore at Illumina Sequencing
5. Nanopore vs Illumina Sequencing sa Tabular Form
6. Buod - Nanopore vs Illumina Sequencing
Ano ang Nanopore Sequencing?
Ang nanopore sequencing ay isang pangatlong henerasyon na pamamaraan ng pagsunud-sunod na gumagamit ng isang protein nanopore upang makita ang pagkakasunud-sunod ng nucleic acid ng isang Molekyul. Sa pagsunud-sunod ng nanopore, ang DNA na dumadaan sa nanopore ay binabago ang kasalukuyang nito. Ang pagbabago na ito ay nakasalalay sa hugis, laki, at haba ng pagkakasunud-sunod ng DNA. Ang nagresultang signal ay na-decode upang makuha ang tukoy na pagkakasunud-sunod ng DNA o RNA. Ang pamamaraang ito ay hindi nangangailangan ng binagong mga nucleotide, at gumaganap ito sa real-time.
Larawan 01: Nanopore Sequencing
Ang Oxford Nanopore Technologies ay isang tanyag na kumpanya na gumagawa ng maraming mga aparato ng pagsunud-sunod ng nanopore. Karamihan sa mga aparato ng pagkakasunud-sunod ng Oxford Nanopore ay mayroong mga cell na dumadaloy. Ang flow cell na ito ay may isang bilang ng mga maliliit na nanopores na naka-embed sa electro lumalaban lamad. Ang bawat nanopore ay tumutugma sa sarili nitong elektrod. Ang electrode na ito ay kumokonekta sa isang channel at isang sensor chip. Sinusukat ng elektrod na ito ang kasalukuyang kuryente na dumadaloy sa pamamagitan ng nanopore. Kapag ang isang Molekyul ay dumaan sa isang nanopore, ang kasalukuyang pagbabago o nagagambala. Bukod dito, ang pagkagambala na ito ay gumagawa ng isang katangian na squiggle. Ang squiggle na ito ay na-decode upang matukoy ang pagkakasunud-sunod ng DNA o RNA sa real-time.
Ano ang Illumina Sequencing?
Ang Illumina sequencing ay isang pangalawang henerasyon na diskarte sa pagsunud-sunod na gumagamit ng teknolohiyang mababaluktot na mga terminator na pangulay upang makita ang pagkakasunud-sunod ng mga molekulang DNA. Ang kumpanya ng Solexa, na ngayon ay isang bahagi ng kumpanya ng Illumina, ay itinatag noong 1998. Ang kumpanya na ito ay nag-imbento ng ganitong pamamaraan ng pagsunud-sunod batay sa nababaligtad na teknolohiya ng mga terminator ng tina at ininhinyero na mga polymerase.
Larawan 02: Illumina Sequencing
Sa illumina sequencing na pamamaraan, ang sample ay unang na-cleave sa maikling mga seksyon. Samakatuwid, sa illumina sequencing, 100-150bp maikling pagbasa o mga fragment ay nilikha sa simula. Ang mga fragment na ito ay pagkatapos ay ligated sa mga generic adapters at ipinapasok sa isang slide. Ginagawa ang PCR upang palakasin ang bawat fragment. Lumilikha ito ng isang lugar na may maraming mga kopya ng parehong fragment. Nang maglaon, pinaghiwalay sila sa solong-maiiwan tayo at napapailalim sa pagkakasunud-sunod. Naglalaman ang slide ng pagkakasunud-sunod ng fluorescently na may label na mga nucleotide, DNA polymerase , at isang terminator. Dahil sa terminator, isang base lamang ang naidagdag nang paisa-isa. Ang bawat cycle terminator ay tinanggal, at pinapayagan ang pagdaragdag ng susunod na base sa site. Bukod dito, batay sa mga fluorescent signal, nakita ng computer ang base na idinagdag sa bawat cycle. Ang teknolohiya ng pagkakasunud-sunod ng Illumina ay bumubuo ng pagkakasunud-sunod sa loob ng 4 hanggang 56 na oras.
Ano ang Mga Pagkakatulad sa Pagitan ng Nanopore at Illumina Sequencing?
- Ang nanopore at illumina sequencing ay dalawang diskarte sa pagsunud-sunod.
- Parehong mabilis at bagong pamamaraan ng pagsunud-sunod.
- Ginagamit ang mga ito upang makita ang mga pagkakasunud-sunod ng DNA at RNA.
- Parehong may mataas na kawastuhan.
Ano ang Pagkakaiba sa Pagitan ng Nanopore at Illumina Sequencing?
Ang nanopore sequencing ay isang pangatlong henerasyon na pamamaraan ng pagsunud-sunod na gumagamit ng isang nanopore upang makita ang pagkakasunud-sunod ng mga molekulang DNA. Sa kaibahan, ang illumina na pagkakasunud-sunod ay isang pangalawang henerasyon na pamamaraan ng pagsunud-sunod na gumagamit ng teknolohiyang nababaluktot na pangulay ng mga tina upang makita ang pagkakasunud-sunod ng mga molekulang DNA. o, ito ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng nanopore at illumina sequencing. Bukod dito, ang pagkakasunud-sunod ng nanopore ay may 92-97% kawastuhan, habang ang illumina na pagkakasunud-sunod ay may 99% kawastuhan.
Inililista ng sumusunod na infographic ang mga pagkakaiba sa pagitan ng nanopore at illumina sequencing sa form na tabular.
Buod - Nanopore vs Illumina Sequencing
Kasama sa mga diskarte ng high-throughput na pagkakasunud-sunod ng pangalawang henerasyon (maikling pagbasa) at pangatlong henerasyon (pang-nabasang) mga pamamaraan ng pagsunud-sunod. Ang nanopore at illumina sequencing ay dalawang bagong teknolohiya ng DNA na kabilang sa mga kategorya ng pagsunud-sunod ng DNA ng third-henerasyon at pangalawang henerasyon (susunod na henerasyon). Ang nanopore sequencing ay gumagamit ng isang nanopore upang makita ang pagkakasunud-sunod ng mga molekulang DNA. Sa kabilang banda, ang pagkakasunud-sunod ng illumina ay gumagamit ng teknolohiyang mababaluktot na mga terminator ng tina upang makita ang pagkakasunud-sunod ng mga molekulang DNA. Kaya, ito ang buod ng pagkakaiba sa pagitan ng nanopore at illumina sequencing.
Sanggunian:
1. " Sequencing ng DNA ." Mga Teknolohiya ng Oxford Nanopore.
2. " Illumina Dye Sequencing ." Isang Pangkalahatang-ideya | Mga Paksa sa ScienceDirect.
Kagandahang-loob ng Larawan:
1. " Oxford nanopore MinION flow cell back " Ni Cirosantilli2 - Sariling gawain (CC BY-SA 4.0) sa pamamagitan ng Commons Wikimedia
2. " Illumina MiSeq sequencer " Ni Konrad Förstner - Sariling gawain (CC0) sa pamamagitan ng Commons Wikimedia
