Perbedaan utama antara LINE dan SINE adalah bahwa LINE (elemen nuklir yang diselingi panjang) adalah jenis retrotransposon non-LTR yang lebih panjang sedangkan SINE (elemen nuklir yang diselingi pendek) adalah jenis retrotransposon non-LTR yang jauh lebih pendek.
Retrotransposon non-LTR tidak mengandung pengulangan terminal panjang (LTR). Namun, mereka mengandung gen untuk reverse transcriptase, protein pengikat RNA, nuklease, dan domain ribonuklease H. Retrotransposon non-LTR memiliki pengulangan singkat. Pengulangan ini memiliki urutan basa terbalik di samping satu sama lain. Selain itu, retrotransposon non-LTR juga memiliki pengulangan langsung yang ditemukan pada transposon LRT. Retrotransposon non-LTR terbagi dalam dua kategori sebagai LINE dan SINE.
ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu LINE?
3. Apa itu SINE?
4. Kesamaan – LINEs vs SINEs
5. GARIS vs SINE dalam Bentuk Tabular
6. Ringkasan
Apa itu LINE?
LINE (elemen nuklir yang diselingi panjang) adalah retrotransposon non-LTR yang lebih panjang. Mereka tersebar luas dalam genom eukariota. Mereka biasanya membentuk 21,1% dari genom manusia . Setiap LINE memiliki panjang sekitar 7000 pasangan basa. LINEs dapat ditranskripsi menjadi mRNA dan diterjemahkan menjadi protein yang dapat berfungsi sebagai enzim reverse transcriptase. Transkriptase terbalik ini menghasilkan salinan DNA dari RNA LINEs. Salinan DNA ini dapat diintegrasikan ke dalam genom di situs baru.
Gambar 01: LINE dan SINE
Genom manusia hanya memiliki satu LINE berlimpah yang disebut LINE-1. Elemen LINE-1 memiliki panjang sekitar 6000 pasangan basa. Ada sekitar 100.000 elemen LINE-1 terpotong dalam genom manusia. Mutasi acak dapat terjadi pada LINE. Karena mutasi acak, LINE dapat merosot. Mereka tidak lagi ditranskripsi atau diterjemahkan. Selanjutnya, LINE dikelompokkan menjadi lima kelompok utama seperti L1, RTE, R2, I dan joki. Kelima kelompok ini selanjutnya dibagi lagi menjadi 28 clade lainnya.
GARIS biasanya disebarkan melalui mekanisme yang disebut mekanisme transkripsi terbalik target prima (TPRT). Penyisipan LINE menyebabkan penyakit pada manusia seperti hemofilia A, kanker, gangguan mendelian, dll. Hipometilasi LINE juga memicu jenis kanker tertentu.
Apa itu SINE?
SINE (elemen nuklir diselingi pendek) adalah jenis retrotransposon non-LTR yang jauh lebih pendek. Panjangnya sekitar 100 hingga 700 pasangan basa. SINE juga merupakan elemen DNA yang menggandakan diri di seluruh genom eukariotik melalui perantara RNA. SINE membentuk sekitar 13% dari genom mamalia. Daerah internal SINE berasal dari tRNA. Itu tetap sangat dilestarikan. Mereka sering hadir di banyak spesies vertebrata dan invertebrata. Variasi jumlah salinan dan mutasi dalam SINE dapat digabungkan untuk menyusun klasifikasi spesies berbasis filogeni.
SINEs dapat dikelompokkan menjadi tiga jenis utama: CORE-SINEs, V-SINEs, dan AmnSINEs. Unsur alu adalah SINE yang paling umum pada primata. Selain itu, ada lebih dari 50 penyakit manusia yang terkait dengan penyisipan SINE. Ketika mereka memasukkan di dalam atau di dekat ekson, mereka dapat menyebabkan penyambungan yang tidak tepat atau mengubah kerangka baca. Hal ini menyebabkan fenotipe penyakit seperti kanker payudara, kanker usus besar, leukemia, hemofilia, cystic fibrosis, kanker usus besar, penyakit Dent, neurofibromatosis, dll.
Apa Persamaan Antara LINE dan SINE?
- LINE dan SINE adalah dua jenis retrotransposon non-LTR.
- Keduanya tidak memiliki long terminal region (LTR).
- Keduanya sebagian besar hanya ditemukan pada eukariota.
- Mereka berdua tidak otonom.
Apa Perbedaan Antara LINE dan SINE?
LINE adalah retrotransposon non-LTR yang lebih panjang, sedangkan SINE adalah retrotransposon non-LTR yang jauh lebih pendek. Jadi, inilah perbedaan utama antara LINE dan SINE. Selanjutnya, LINES mengkode enzim reverse transcriptase, sedangkan SINE tidak mengkode enzim reverse transcriptase. Jadi, ini adalah perbedaan lain antara LINE dan SINE.
Lebih banyak perbedaan antara LINE dan SINE tercantum di bawah ini dalam bentuk tabel untuk perbandingan berdampingan.
Ringkasan – LINEs vs SINEs
Retrotransposon terutama ditemukan di semua eukariota tetapi tidak ada pada prokariota. Sekitar 37% genom manusia mengandung retrotransposon. Retrotransposon terutama terdiri dari dua jenis: retrotransposon LTR dan Non-LTR. Retrotransposon non-LTR tidak mengandung pengulangan terminal panjang (LTR), yang ada dalam retrotransposon LTR. Retrotransposon non-LTR dibagi lagi menjadi dua kategori: LINE dan SINE. LINE adalah retrotransposon non-LTR yang lebih panjang, sedangkan SINE adalah retrotransposon non-LTR yang jauh lebih pendek. Jadi, ini adalah ringkasan perbedaan antara LINE dan SINE.
Referensi:
1. “ Retrotransposon .” Ikhtisar | Topik ScienceDirect.
2. Hancks, Dustin C., dan Haig H. Kazazian. “ Peran untuk Penyisipan Retrotransposon dalam Penyakit Manusia .” DNA Seluler, BioMed Central, 6 Mei 2016.
Gambar Courtesy:
1. " LINE1s and SINEs " Oleh Mariuswalter - Karya sendiri (CC BY-SA 4.0) melalui Commons Wikimedia
